Theo sự truyền đạt của các bậc tôn trưởng ở địa phương, Thiên Hậu Cung đã được hình thành hơn một thế kỷ.
Vào những năm thập niên 60 của thế kỷ 19, những cư dân từ Quãng Đông Trung Quốc di cư sang Việt Nam và định cư tại xã Phong Phú, huyện Cầu Kè cùng nhau xây dựng Thiên Hậu Cung. Ngôi chánh điện, gian thờ chính quan trọng nhất của Thiên Hậu Cung được tôn trí và thờ phụng trang nghiêm tượng bà Thiên Hậu. Chùa bà Thiên Hậu Cung được xây dựng bằng gạch thẻ, tượng quét vôi, nền lót gạch tàu, mái lợp ngói âm dương, trên nóc có hình “Lưỡng Long tranh châu” đuôi rồng xòe cao lộng gió. Ngoài ngôi chánh điện còn xây dựng 01 nhà khách thường gọi là Tây Lan. Ngôi chùa Thiên Hậu Cung được hình thành từ đó, đã tạo cho tất cả bà con sinh sống ở địa phương đến chiêm ngưỡng lễ bái.
Ngôi chùa hình thành gắn liền với sự hình thành BQT, lúc đó gồm có chánh bái, bổi bái, thủ bồn, thư ký và 4 vị thàu kê. Khi các ông BQT qua đời thì bầu lại các vị mới, cứ 3 năm thì bầu lại 1 nhiệm kỳ mới.
Đến khoảng năm 1930 BQT chấp thuận cho 01 vị tu sĩ về ở và làm trụ trì và được bà Lâm Thị Hương và phật tử thỉnh phật về thờ, hằng đêm tiếng mỏ hòa quyện tiếng cầu kinh ngân vang giữa cuộc sống đầm ấm yên lành của bà con bổn phố. Từ đó Thiên Hậu Cung đã trở thành nơi cần thiết đến hoạt động tín ngưỡng góp phần giáo dục tư tưởng cho thế hệ tương lai.
Qua hơn 1 thế kỷ trải qua nhiều biến cố thăng trầm của lịch sử và sự khắc nghiệt của thời gian Thiên Hậu Cung ngày càng bị hư hoại mục nát. Với sự nhiệt tâm ủng hộ tiền của, công sức của quí nhà hảo tâm gần xa, hôm nay Thiên Hậu Cung đã được tôn tạo trang nghiêm và sạch đẹp.